Vládní stipendia jsou udělována na základě mezivládních dohod mezi Českou republikou a jednotlivými státy, a to ve dvou skupinách podle způsobu přidělování:

1. rozpis kvót – stipendijní místa do konkrétních zemí, která MŠMT ČR přidělí pro daný akademický rok přímo jednotlivým vybraným vysokým školám. O tato místa se mohou ucházet pouze zájemci z daných škol. Návrh na vyslání/Žádost o přiznání stipendia podávají prostřednictvím rektorátů.
2. výběrová řízení – o stipendijní místa do zemí v této skupině se mohou ucházet zájemci ze všech veřejných škol v ČR. Návrh na vyslání/Žádost o přiznání stipendia podávají prostřednictvím Akademické informační agentury.

Celá nabídka těchto stipendijních pobytů včetně případných změn, pokud k nim v průběhu roku dojde je zveřejněna na www.zahranici-stipendium.cz resp.  www.dzs.cz/aia

Také zahraniční zájemci mohou studovat na VŠUP  jako vládní stipendisté, zpravidla po dobu jednoho až dvou semestrů. Vládní stipendia jsou udělována na základě mezivládních dohod mezi Českou republikou a jednotlivými státy.  Každoročně je českou vládou nabízeno kolem 200 stipendijních míst na magisterská a doktorská studia, která jsou teritoriálně rozdělována mezi jednotlivé státy. Aktuální informace jsou k dispozici koncem kalendářního roku na zastupitelských úřadech České republiky v jednotlivých zemích. Výběr studentů provádí zahraniční strana.